Eklem kıkırdağının harabiyeti ile karakterize bir hastalık olan osteoartrit (OA), insanları etkileyen eklem hastalıklarından en yaygın olanıdır. Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B) sinyal yolunun aracı molekülü olan Smad3, kondrositlerin olgunlaşma sürecinde inhibitör etkiler oluşturur. Primer diz osteoartriti ve Smad3 gen mutasyonları arasındaki ilişkiyi araştırmak amacıyla, primer diz OA'li hasta (n=40) ve kontrol bireylerde (n=40) Smad3 geni, polimeraz zincir reaksiyonu-tek zincir konformasyon polimorfizim (PCR-SSCP) analiziyle mutasyonlar açısından tarandı. SSCP'de farklı bant paterni gözlenen bireylere dizi analizi yapıldı, intron 2'nin 59. pozisyonunda G>C transversiyonu, 103. kodonda sessiz A>G transisyonu ve 170. kodonun ikinci pozisyonunda A>G transisyonu olmak üzere üç farklı tek nükleotid polimorfizimi (SNP) tespit edildi. 170. kodondaki A>G transisyonu, üçü hasta biri kontrol olmak üzere toplam dört bireyde bulundu. İntron 2'nin 59. pozisyonundaki G>C transversiyonu, Bme1390I enzimi kullanılarak parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile primer diz OA'li hasta (n=92) ve kontrol (n=87) grubunda tarandı. G/C allel frekansları değerlendirildiğinde OA hastaları ve kontrol grubu (P= 0,030) ile şiddetli OA hastaları ve kontrol grubu (P= 0,037) arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar bulunurken genotip frekansları açısından farklılık tespit edilmedi. C allel frekansının radyografik olarak şiddetli OA hastalarında farklı olması, C allelinin hastalığın şiddeti ile ilişkili olabileceğini gösterdi. Smad3 geninde ilk defa OA ile ilişkilendirilen bir bölgeyi tespit ettiğimiz ve bu bölgenin frekanslarının hızlı bir şekilde çalışılması için Bme1390I enzim kesim metodu geliştirdiğimiz çalışmamızın, osteoartrit ile ilgili çalışmalara ışık tutacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Kelimeler : Mutasyon, Osteoartrit, Smad3, Tek nükleotid polimorfizmi (SNP), Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B)
Osteoarthritis (OA) is the most common degenerative arthritis, which is characterized by breakdown of articular cartilage. The Smad3 protein that is the mediator of the transforming growth factor-(3 (TGF-(B) signals, has inhibitor effects on chondrocyte maturation. To investigate Smad3 gene mutations for its associations with primary knee OA, we screened Smad3 gene for mutations with polymerase chain reaction-single stranded conformation polymorphism (PCR-SSCP) in patients with primer knee OA (n=40) and control (n=40) individuals. We performed DNA sequencing on individuals whose were distinct band patterns determined with PCR-SSCP, three different single nucleotid polymorphism (SNP) are determined, G>C transversion in 59th position of intron 2, silent A>G transition in codon 103 and A>G transition in codon 170. A>G transitions in codon 170 were found in three patient and one control. G>C transversions in 59th position of intron 2 were analyzed with restriction fragment length polymorphism (RFLP) method by using Bme1390I restriction in patients with primary knee OA (n=92) and control (n=87) group. When G/C allel frequencies compared, a significant difference was observed between primary knee OA and control groups (p=0,030) and between control and severe primary knee OA groups (p=0,037). However, the genotype distributions did not exhibit a significant difference between OA patients and control individuals. The significant difference of C allel frequency in radiographic severe OA patients may exhibit association with the severity of OA. We demostrated a region on Smad3 gene related with OA and used Bme1390I enzyme restriction method developed just for to help to study faster this region's frequencies for the first time. So we thought that from now on this study will help of related OA studies. Keywords : Mutation, Osteoarthritis, Smad3, Single Nucleotid Polymorphism (SNP), Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B)
Tez (Doktora) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, 2008.
Kaynakça var.
Eklem kıkırdağının harabiyeti ile karakterize bir hastalık olan osteoartrit (OA), insanları etkileyen eklem hastalıklarından en yaygın olanıdır. Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B) sinyal yolunun aracı molekülü olan Smad3, kondrositlerin olgunlaşma sürecinde inhibitör etkiler oluşturur. Primer diz osteoartriti ve Smad3 gen mutasyonları arasındaki ilişkiyi araştırmak amacıyla, primer diz OA'li hasta (n=40) ve kontrol bireylerde (n=40) Smad3 geni, polimeraz zincir reaksiyonu-tek zincir konformasyon polimorfizim (PCR-SSCP) analiziyle mutasyonlar açısından tarandı. SSCP'de farklı bant paterni gözlenen bireylere dizi analizi yapıldı, intron 2'nin 59. pozisyonunda G>C transversiyonu, 103. kodonda sessiz A>G transisyonu ve 170. kodonun ikinci pozisyonunda A>G transisyonu olmak üzere üç farklı tek nükleotid polimorfizimi (SNP) tespit edildi. 170. kodondaki A>G transisyonu, üçü hasta biri kontrol olmak üzere toplam dört bireyde bulundu. İntron 2'nin 59. pozisyonundaki G>C transversiyonu, Bme1390I enzimi kullanılarak parça uzunluk polimorfizmi (RFLP) yöntemi ile primer diz OA'li hasta (n=92) ve kontrol (n=87) grubunda tarandı. G/C allel frekansları değerlendirildiğinde OA hastaları ve kontrol grubu (P= 0,030) ile şiddetli OA hastaları ve kontrol grubu (P= 0,037) arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar bulunurken genotip frekansları açısından farklılık tespit edilmedi. C allel frekansının radyografik olarak şiddetli OA hastalarında farklı olması, C allelinin hastalığın şiddeti ile ilişkili olabileceğini gösterdi. Smad3 geninde ilk defa OA ile ilişkilendirilen bir bölgeyi tespit ettiğimiz ve bu bölgenin frekanslarının hızlı bir şekilde çalışılması için Bme1390I enzim kesim metodu geliştirdiğimiz çalışmamızın, osteoartrit ile ilgili çalışmalara ışık tutacağı düşüncesindeyiz. Anahtar Kelimeler : Mutasyon, Osteoartrit, Smad3, Tek nükleotid polimorfizmi (SNP), Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B)
Osteoarthritis (OA) is the most common degenerative arthritis, which is characterized by breakdown of articular cartilage. The Smad3 protein that is the mediator of the transforming growth factor-(3 (TGF-(B) signals, has inhibitor effects on chondrocyte maturation. To investigate Smad3 gene mutations for its associations with primary knee OA, we screened Smad3 gene for mutations with polymerase chain reaction-single stranded conformation polymorphism (PCR-SSCP) in patients with primer knee OA (n=40) and control (n=40) individuals. We performed DNA sequencing on individuals whose were distinct band patterns determined with PCR-SSCP, three different single nucleotid polymorphism (SNP) are determined, G>C transversion in 59th position of intron 2, silent A>G transition in codon 103 and A>G transition in codon 170. A>G transitions in codon 170 were found in three patient and one control. G>C transversions in 59th position of intron 2 were analyzed with restriction fragment length polymorphism (RFLP) method by using Bme1390I restriction in patients with primary knee OA (n=92) and control (n=87) group. When G/C allel frequencies compared, a significant difference was observed between primary knee OA and control groups (p=0,030) and between control and severe primary knee OA groups (p=0,037). However, the genotype distributions did not exhibit a significant difference between OA patients and control individuals. The significant difference of C allel frequency in radiographic severe OA patients may exhibit association with the severity of OA. We demostrated a region on Smad3 gene related with OA and used Bme1390I enzyme restriction method developed just for to help to study faster this region's frequencies for the first time. So we thought that from now on this study will help of related OA studies. Keywords : Mutation, Osteoarthritis, Smad3, Single Nucleotid Polymorphism (SNP), Transforming Growth Factor-beta (TGF-(B)