Mikroorganizmaların çoğu amino asit eksikliği, karbon kaynağı yokluğu veya besin azlığı gibi olumsuz çevre koşullarında yaşamlarını sürdürebilmek için "Çevresel Strese Cevap" adı verilen özel bir mekanizmaya sahiptir. Bu mekanizma, RelA enzimi tarafından sentezlenen (p)ppGpp molekülü ile kontrol edilir. Tarımsal ve ekonomik öneme sahip bitkilerde ciddi hastalıklara sebep olan Pectobacterium carotovorum (havuç, patates ve soğanda "yumuşak çürüklük"), Pectobacterium atrosepticum (patateste "kara bacak") ve Erwinia amylovora (elma, armut ve ayvada "ateş yanıklığı") Gram negatif fitopatojenlerdir. P. atrosepticum'un relA geni nükleotid dizilimi olmasına karşın, bu organizmaların hiç birinde RelA proteininin teşhisine yönelik bir bilgiye rastlanamamıştır. Bu çalışmada öncelikle, P. atrosepticum'a ait relA gen dizisinden tasarlanmış özgün primerler kullanılarak, P. carotovorum'da 569 bç.'lik bir DNA bölgesi PZR ile çoğaltılmıştır. PZR ürünü DNA dizi analizi, bu bölgenin P. atrosepticum daki ilgili bölge ile % 91 oranında homolog olduğunu göstermiştir. Daha sonra western immünoblot analizi ile P. carotovorum ve P. atrosepticum 'da ilk kez RelA proteininin varlığı ortaya konmuştur. İlginç olarak E. amylovora' da RelA proteini saptanmamıştır. Anahtar Kelimeler: RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blot, DNA Dizi Analizi, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora.
In order to survive unfavorable environmental conditions such as amino acid deficiency, carbon source depletion or nutrient limitation, the most of microorganizms have a special mechanism named "Stringent Response". This mechanism is controlled by the (p)ppGpp molecule, which is synthetize by RelA enzyme. Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum and Erwinia amylovora are Gram negative phytopathogens causing serious diseases in agriculturally and economically important plants, "soft-rod" in carrot, potato and onion, "black leg"in potato and "fire blight" in apple, pear and quince, respectively. While the nucleotide sequence ofP. atrosepticum relA gen is available, we did not encounter any information about the detection of RelA protein in none of these organizms. In this study, firstly, a 569 bp. DNA fragment of P. carotovorum was amplified by using a pair of primers designed specifically based on the P. atrosepticum relA gene sequence. The DNA sequencing of this PCR product revealed a 91% homology with the related region of P. atrosepticum. The presence of RelA protein was then shown for the first time in P. carotovorum and P. atrosepticum using the metod of western immunoblotting. Interestingly, the RelA protein could not detected in E. amylovora. Keywords: RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blotting, DNA Sequencing, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora.
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, 2008.
Kaynakça var.
Mikroorganizmaların çoğu amino asit eksikliği, karbon kaynağı yokluğu veya besin azlığı gibi olumsuz çevre koşullarında yaşamlarını sürdürebilmek için "Çevresel Strese Cevap" adı verilen özel bir mekanizmaya sahiptir. Bu mekanizma, RelA enzimi tarafından sentezlenen (p)ppGpp molekülü ile kontrol edilir. Tarımsal ve ekonomik öneme sahip bitkilerde ciddi hastalıklara sebep olan Pectobacterium carotovorum (havuç, patates ve soğanda "yumuşak çürüklük"), Pectobacterium atrosepticum (patateste "kara bacak") ve Erwinia amylovora (elma, armut ve ayvada "ateş yanıklığı") Gram negatif fitopatojenlerdir. P. atrosepticum'un relA geni nükleotid dizilimi olmasına karşın, bu organizmaların hiç birinde RelA proteininin teşhisine yönelik bir bilgiye rastlanamamıştır. Bu çalışmada öncelikle, P. atrosepticum'a ait relA gen dizisinden tasarlanmış özgün primerler kullanılarak, P. carotovorum'da 569 bç.'lik bir DNA bölgesi PZR ile çoğaltılmıştır. PZR ürünü DNA dizi analizi, bu bölgenin P. atrosepticum daki ilgili bölge ile % 91 oranında homolog olduğunu göstermiştir. Daha sonra western immünoblot analizi ile P. carotovorum ve P. atrosepticum 'da ilk kez RelA proteininin varlığı ortaya konmuştur. İlginç olarak E. amylovora' da RelA proteini saptanmamıştır. Anahtar Kelimeler: RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blot, DNA Dizi Analizi, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora.
In order to survive unfavorable environmental conditions such as amino acid deficiency, carbon source depletion or nutrient limitation, the most of microorganizms have a special mechanism named "Stringent Response". This mechanism is controlled by the (p)ppGpp molecule, which is synthetize by RelA enzyme. Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum and Erwinia amylovora are Gram negative phytopathogens causing serious diseases in agriculturally and economically important plants, "soft-rod" in carrot, potato and onion, "black leg"in potato and "fire blight" in apple, pear and quince, respectively. While the nucleotide sequence ofP. atrosepticum relA gen is available, we did not encounter any information about the detection of RelA protein in none of these organizms. In this study, firstly, a 569 bp. DNA fragment of P. carotovorum was amplified by using a pair of primers designed specifically based on the P. atrosepticum relA gene sequence. The DNA sequencing of this PCR product revealed a 91% homology with the related region of P. atrosepticum. The presence of RelA protein was then shown for the first time in P. carotovorum and P. atrosepticum using the metod of western immunoblotting. Interestingly, the RelA protein could not detected in E. amylovora. Keywords: RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blotting, DNA Sequencing, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora.