Bu çalışmada, Türkiye’nin batısında yer alan ve ağaçlandırma çalışmaları için önem arz eden orman fidanlıklarında geniş ve iğne yapraklı fidan türlerinde kök çürüklüğüne neden olan ökaryot patojenlerin (fungal ve Pythiaceous) varlığı belirlenmiş, teşhisleri klasik ve moleküler yöntemler yardımıyla gerçekleştirilmiş, izole edilen türler elde edildikleri konukçular üzerinde hastalık oluşturma yetenekleri açısından test edilmiştir. Bu amaçla, sörveyler İzmir-Torbalı, Denizli-Karahasanlı, Muğla-Gökova, Isparta-Eğirdir, Antalya-Elmalı, Eskişehir, Bursa ve Adapazarı-Hendek olmak üzere toplamda 8 orman fidanlığında gerçekleştirilmiştir. Kök çürüklüğüne neden olan fungal etmenler, hastalık belirtisi gösteren 296 adet fidanın köklerinden alınan dokuların besi ortamına izolasyonları ile elde edilirken, Phyticeous türler ise 105 adet toprak örneğinden tuzak yöntemi ile izole edilmiştir. İzolasyonlar sonucunda, 199 adet fungal, 142 adet Pythiaceous türe ait izolat elde edilmiştir. Elde edilen fungal izolatlar, morfolojik ve moleküler teknikler kullanılarak ayrıntılı bir şekilde teşhis edilmiştir. Teşhis çalışmaları sonucunda, fungal izolatlar; Fusarium oxypsorum, Fusarium solani, Fusarium verticillioides, Cylindrocarpon destructans, Rhizoctonia solani, Verticillium dahliae ve Pestalatiopsis clavispora olarak, Pyhtiaceous türler ise; Pythium aphanidermatum, Pythium intermedium, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Phytophthora cactorum, Phytophthora citricola, Phytophthora megasperma ve Phytophthora syringae olarak tanılanmıştır. Buna ek olarak, sörveylerin gerçekleştirildiği orman fidanlıklarında iğne yapraklı ağaç türlerine ait fidanlarda kök çürüklüğü hastalığı belirtileri daha fazla görülmüştür. Teşhis edilen ve tüm fidanlıklarda yaygın olarak bulunan etmenler izole edildikleri konukçu bitkilere tekrar inokule edilerek patojenisiteleri araştırılmıştır. Sonuçlar, tüm izolatların patojenik olduğunu ve test edilen konukçu bitkilerde geliştiklerini göstermiştir. Bu çalışma, ökaryotik ve kök çürüklüğüne neden olduğu bilinen fungal ve Pythiaceous türler üzerine yapılan ilk çalışma niteliğindedir. Anahtar Kelimeler: fidanlık, kök çürüklüğü, su küfleri, fungus, iğne yapraklı, geniş yapraklı türler, fidan.
In this study, occurrence and pathogenicity of root rot causing eukaryote pathogens (fungal and Pythiaceous) in forest tree nurseries in western Turkey were investigated. The causal agents were identified using morphological and molecular techniques. Eukaryote pathogens were tested on the host species where the causal agents were isolated from for their ability to cause disease.Survey studies were conducted in eight representative forest tree nurseries in western Turkey: İzmir-Torbalı, Denizli-Karahasanlı, Muğla-Gökova, Isparta-Eğirdir, Antalya-Elmalı, Eskişehir, Bursa and Adapazarı-Hendek. Symptomatic seedlings (totally 296) and soil samples (totally 105) were transferred to the laboratory and investigated for the presence of agents causing root rot. Fungal species were obtained from roots of the symptomatic seedlings by direct isolations from the roots while Pythiaceous species were obtained from the soil samples by the aid of baiting methods. Isolations yielded 199 fungal and 142 Pythiaceous isolates, which were identified using classical morphological methods and molecular techniques, such as sequencing ITS and other gene regions. The morphological and molecular analyses showed that the fungal species; Fusarium oxypsorum, Fusarium solani, Fusarium verticillioides, Cylindrocarpon destructans, Rhizoctonia solani, Verticillium dahliae and Pestalatiopsis clavispora and the watermolds Pythium aphanidermatum, Pythium intermedium, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Phytophthora cactorum, Phytophthora citricola, Phytophthora megasperma and Phytophthora syringae were common in the surveyed nurseries. In addition, coniferous seedlings were more symptomatic compared to the deciduous ones. Pathogenicity tests were performed for selected fungal and Pythiaceous isolates on the host species from where they were isolated. The results showed that all isolates were pathogenic and had an ability to grow in all tested hosts. To our knowledge these are the first findings of fungal and Pythiaceous species causing root rot on coniferous and deciduous forest tree seedlings in western Turkey. Keywords: nursery, root rot, watermold, fungi, conifer, deciduous, seedling
Tez (Doktora) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, 2014.
Kaynakça var.
Bu çalışmada, Türkiye’nin batısında yer alan ve ağaçlandırma çalışmaları için önem arz eden orman fidanlıklarında geniş ve iğne yapraklı fidan türlerinde kök çürüklüğüne neden olan ökaryot patojenlerin (fungal ve Pythiaceous) varlığı belirlenmiş, teşhisleri klasik ve moleküler yöntemler yardımıyla gerçekleştirilmiş, izole edilen türler elde edildikleri konukçular üzerinde hastalık oluşturma yetenekleri açısından test edilmiştir. Bu amaçla, sörveyler İzmir-Torbalı, Denizli-Karahasanlı, Muğla-Gökova, Isparta-Eğirdir, Antalya-Elmalı, Eskişehir, Bursa ve Adapazarı-Hendek olmak üzere toplamda 8 orman fidanlığında gerçekleştirilmiştir. Kök çürüklüğüne neden olan fungal etmenler, hastalık belirtisi gösteren 296 adet fidanın köklerinden alınan dokuların besi ortamına izolasyonları ile elde edilirken, Phyticeous türler ise 105 adet toprak örneğinden tuzak yöntemi ile izole edilmiştir. İzolasyonlar sonucunda, 199 adet fungal, 142 adet Pythiaceous türe ait izolat elde edilmiştir. Elde edilen fungal izolatlar, morfolojik ve moleküler teknikler kullanılarak ayrıntılı bir şekilde teşhis edilmiştir. Teşhis çalışmaları sonucunda, fungal izolatlar; Fusarium oxypsorum, Fusarium solani, Fusarium verticillioides, Cylindrocarpon destructans, Rhizoctonia solani, Verticillium dahliae ve Pestalatiopsis clavispora olarak, Pyhtiaceous türler ise; Pythium aphanidermatum, Pythium intermedium, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Phytophthora cactorum, Phytophthora citricola, Phytophthora megasperma ve Phytophthora syringae olarak tanılanmıştır. Buna ek olarak, sörveylerin gerçekleştirildiği orman fidanlıklarında iğne yapraklı ağaç türlerine ait fidanlarda kök çürüklüğü hastalığı belirtileri daha fazla görülmüştür. Teşhis edilen ve tüm fidanlıklarda yaygın olarak bulunan etmenler izole edildikleri konukçu bitkilere tekrar inokule edilerek patojenisiteleri araştırılmıştır. Sonuçlar, tüm izolatların patojenik olduğunu ve test edilen konukçu bitkilerde geliştiklerini göstermiştir. Bu çalışma, ökaryotik ve kök çürüklüğüne neden olduğu bilinen fungal ve Pythiaceous türler üzerine yapılan ilk çalışma niteliğindedir. Anahtar Kelimeler: fidanlık, kök çürüklüğü, su küfleri, fungus, iğne yapraklı, geniş yapraklı türler, fidan.
In this study, occurrence and pathogenicity of root rot causing eukaryote pathogens (fungal and Pythiaceous) in forest tree nurseries in western Turkey were investigated. The causal agents were identified using morphological and molecular techniques. Eukaryote pathogens were tested on the host species where the causal agents were isolated from for their ability to cause disease.Survey studies were conducted in eight representative forest tree nurseries in western Turkey: İzmir-Torbalı, Denizli-Karahasanlı, Muğla-Gökova, Isparta-Eğirdir, Antalya-Elmalı, Eskişehir, Bursa and Adapazarı-Hendek. Symptomatic seedlings (totally 296) and soil samples (totally 105) were transferred to the laboratory and investigated for the presence of agents causing root rot. Fungal species were obtained from roots of the symptomatic seedlings by direct isolations from the roots while Pythiaceous species were obtained from the soil samples by the aid of baiting methods. Isolations yielded 199 fungal and 142 Pythiaceous isolates, which were identified using classical morphological methods and molecular techniques, such as sequencing ITS and other gene regions. The morphological and molecular analyses showed that the fungal species; Fusarium oxypsorum, Fusarium solani, Fusarium verticillioides, Cylindrocarpon destructans, Rhizoctonia solani, Verticillium dahliae and Pestalatiopsis clavispora and the watermolds Pythium aphanidermatum, Pythium intermedium, Pythium irregulare, Pythium ultimum, Phytophthora cactorum, Phytophthora citricola, Phytophthora megasperma and Phytophthora syringae were common in the surveyed nurseries. In addition, coniferous seedlings were more symptomatic compared to the deciduous ones. Pathogenicity tests were performed for selected fungal and Pythiaceous isolates on the host species from where they were isolated. The results showed that all isolates were pathogenic and had an ability to grow in all tested hosts. To our knowledge these are the first findings of fungal and Pythiaceous species causing root rot on coniferous and deciduous forest tree seedlings in western Turkey. Keywords: nursery, root rot, watermold, fungi, conifer, deciduous, seedling