Müdahalesiz yöntemlerle toplanan dökülmüş tüyler nesli tükenme tehlikesi altında olan kuşlarda moleküler çalışmalar için oldukça değerli bir materyaldir. Ancak, dökülmüş tüylerden düşük kalite ve miktarda DNA elde edilebilmesi yöntemin önemli bir problemidir. Bu çalışmada, dökülmüş tüylerden, bireyden koparılmış tüylerden ve kan örneklerinden elde edilen DNA, amplifikasyon başarısı baz alınarak karşılaştırılmıştır. 2014-2015 döneminde Burdur Gölü etrafında Angıt (Tadorna ferruginea) türüne ait dökülmüş tüyler toplanmıştır (n=74). Tahribatsız örnekleme olarak tavuğun (Gallus gallus) göğsünden koparılan tüyler kullanılmıştır (n=12). Kan örnekleri de tavuklardan elde edilmiştir (n=2). DNA'nın değerlendirilmesi CHD genine özgü 2550F-2718R markörleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Dökülmüş tüylerden DNA elde edilemezken, koparılmış tüylerin (♀=10, ♂=2) ve kan örneklerinin (♂=2) tamamı başarıyla amplifike edilmiştir. Sonuçlarımıza göre uygulama kolaylığı ve yeterli DNA materyali elde etme açısından en uygun materyaller sırasıyla kan örneği, koparılmış ve dökülmüş tüylerden elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: DNA, müdahelesiz örnekleme, tüy, moleküler cinsiyet tayini, Tadorna ferruginea
Molted feathers obtained with noninvasive genetic sampling are valuable tools for genetic analyses on birds. However, the low quality and quantity of DNA obtained from molted feathers poses serious limitations. In this study, we compared the quality (amplification success) of DNA obtained from molted feathers, plucked feathers and blood samples, as well as the feasibility of these methods. Molted feathers of Ruddy Shelduck (Tadorna ferruginea) were collected (n=74) around Lake Burdur during 2014-2015. As non-destructive sampling we used feathers plucked (n=12) from chests of domestic chicken (Gallus gallus). Blood samples were also taken (n=2) from domestic chicken. Evaluation of DNA was performed by amplification of CHD specific 2550F-2718R markers. While molted feathers did not yield any DNA, we could successfully amplify all the samples from plucked feathers (♀=10, ♂=2) and blood (♂=2). Blood samples produced stronger bands in gel. In terms of utility and the quality of the obtained DNA we concluded that blood samples yield the best results, followed by plucked feathers and molted feathers. Keywords: DNA, NGS, feather, molecular sexing, Tadorna ferruginea, Turkey
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, 2015.
Kaynakça var.
Müdahalesiz yöntemlerle toplanan dökülmüş tüyler nesli tükenme tehlikesi altında olan kuşlarda moleküler çalışmalar için oldukça değerli bir materyaldir. Ancak, dökülmüş tüylerden düşük kalite ve miktarda DNA elde edilebilmesi yöntemin önemli bir problemidir. Bu çalışmada, dökülmüş tüylerden, bireyden koparılmış tüylerden ve kan örneklerinden elde edilen DNA, amplifikasyon başarısı baz alınarak karşılaştırılmıştır. 2014-2015 döneminde Burdur Gölü etrafında Angıt (Tadorna ferruginea) türüne ait dökülmüş tüyler toplanmıştır (n=74). Tahribatsız örnekleme olarak tavuğun (Gallus gallus) göğsünden koparılan tüyler kullanılmıştır (n=12). Kan örnekleri de tavuklardan elde edilmiştir (n=2). DNA'nın değerlendirilmesi CHD genine özgü 2550F-2718R markörleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Dökülmüş tüylerden DNA elde edilemezken, koparılmış tüylerin (♀=10, ♂=2) ve kan örneklerinin (♂=2) tamamı başarıyla amplifike edilmiştir. Sonuçlarımıza göre uygulama kolaylığı ve yeterli DNA materyali elde etme açısından en uygun materyaller sırasıyla kan örneği, koparılmış ve dökülmüş tüylerden elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: DNA, müdahelesiz örnekleme, tüy, moleküler cinsiyet tayini, Tadorna ferruginea
Molted feathers obtained with noninvasive genetic sampling are valuable tools for genetic analyses on birds. However, the low quality and quantity of DNA obtained from molted feathers poses serious limitations. In this study, we compared the quality (amplification success) of DNA obtained from molted feathers, plucked feathers and blood samples, as well as the feasibility of these methods. Molted feathers of Ruddy Shelduck (Tadorna ferruginea) were collected (n=74) around Lake Burdur during 2014-2015. As non-destructive sampling we used feathers plucked (n=12) from chests of domestic chicken (Gallus gallus). Blood samples were also taken (n=2) from domestic chicken. Evaluation of DNA was performed by amplification of CHD specific 2550F-2718R markers. While molted feathers did not yield any DNA, we could successfully amplify all the samples from plucked feathers (♀=10, ♂=2) and blood (♂=2). Blood samples produced stronger bands in gel. In terms of utility and the quality of the obtained DNA we concluded that blood samples yield the best results, followed by plucked feathers and molted feathers. Keywords: DNA, NGS, feather, molecular sexing, Tadorna ferruginea, Turkey