Bu çalışmada daha önce Akdeniz Bölgesindeki bir alabalık işletmesinde ortaya çıkan vagokokkozis salgını esnasında izole edilen Vagococcus salmoninarum izolatına karşı endojen gökkuşağı alabalığı mikrobiyotasının probiyotik özellikleri değerlendirildi. Bu amaçla sağlıklı 20 adet gökkuşağı alabalığının (ort 250g) bağırsaklarından aday probiyotik bakterilerilerin izolasyonu yapıldı. İzole edilen 157 adet bakterinin Agar Kuyu Difüzyon yöntemi kullanılarak V. salmoninarum'a karşı antagonistik aktiviteleri araştırıldı. Antagonistik suşların fenotipik identifikasyonlarını takiben, PCR ve 16S rRNA bölgesi dizi analizi ile bakteri türlerinin genotipik identifikasyonu yapılmıştır. Sonuç olarak, TUB/2013/V47 (L. garvieae), TUB/2013/V27 (L.garvieae), TUB/2013/V10 (L. garvieae), TUB/2013/V2 (L.garvieae), TUB/2013/V1 (L. lactis), ve TUB/2013/V4 (L. lactis) olmak üzere 6 antagonistik suş tanımlandı. Bu, suşların in vitro probiyotik özellikere (hidrofobik, safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına dirençli olma) sahip oldukları belirlendi. Anahtar Kelimeler: Akuakültür, Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis, Oncorhyncus mykiss, Probiyotik, Vagococcus salmoninarum
In this study, probiotic properties of endogenous rainbow trout microbiota against V. salmoninarum isolated during an outbreak of vagococcosis in a trout farm in the Mediterranean region were evaluated. For this purpose, candidate probiotic bacteria were isolated from rainbow trout (n=20, weight of 250g) intestines. A total of 157 bacteria were screened for antagonistic activity against V. salmoninarum by using the Well Diffusion Agar method. After the phenotypic identification of antagonistic strains, confirmation of bacterial species was made by 16S rRNA gene sequence analysis of the strains. As a result, four antagonistic strains were identified including TUB/2013/V47 (L. garvieae), TUB/2013/V27 (L.garvieae), TUB/2013/V10 (L. garvieae), TUB/2013/V2 (L. garvieae) TUB/2013/V1 (L. lactis) and TUB/2013/V4 (L. lactis). As a result, it was found that strains have in vitro probiotic properties (hidrophobic, tolerant to bile salts and low pH conditions). Keywords: Aquaculture, Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis, Oncorhyncus mykiss, Probiotic, Vagococcus salmoninarum
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Su Ürünleri Yetiştiriciliği Anabilim Dalı, 2016.
Kaynakça var.
Bu çalışmada daha önce Akdeniz Bölgesindeki bir alabalık işletmesinde ortaya çıkan vagokokkozis salgını esnasında izole edilen Vagococcus salmoninarum izolatına karşı endojen gökkuşağı alabalığı mikrobiyotasının probiyotik özellikleri değerlendirildi. Bu amaçla sağlıklı 20 adet gökkuşağı alabalığının (ort 250g) bağırsaklarından aday probiyotik bakterilerilerin izolasyonu yapıldı. İzole edilen 157 adet bakterinin Agar Kuyu Difüzyon yöntemi kullanılarak V. salmoninarum'a karşı antagonistik aktiviteleri araştırıldı. Antagonistik suşların fenotipik identifikasyonlarını takiben, PCR ve 16S rRNA bölgesi dizi analizi ile bakteri türlerinin genotipik identifikasyonu yapılmıştır. Sonuç olarak, TUB/2013/V47 (L. garvieae), TUB/2013/V27 (L.garvieae), TUB/2013/V10 (L. garvieae), TUB/2013/V2 (L.garvieae), TUB/2013/V1 (L. lactis), ve TUB/2013/V4 (L. lactis) olmak üzere 6 antagonistik suş tanımlandı. Bu, suşların in vitro probiyotik özellikere (hidrofobik, safra tuzlarına ve düşük pH şartlarına dirençli olma) sahip oldukları belirlendi. Anahtar Kelimeler: Akuakültür, Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis, Oncorhyncus mykiss, Probiyotik, Vagococcus salmoninarum
In this study, probiotic properties of endogenous rainbow trout microbiota against V. salmoninarum isolated during an outbreak of vagococcosis in a trout farm in the Mediterranean region were evaluated. For this purpose, candidate probiotic bacteria were isolated from rainbow trout (n=20, weight of 250g) intestines. A total of 157 bacteria were screened for antagonistic activity against V. salmoninarum by using the Well Diffusion Agar method. After the phenotypic identification of antagonistic strains, confirmation of bacterial species was made by 16S rRNA gene sequence analysis of the strains. As a result, four antagonistic strains were identified including TUB/2013/V47 (L. garvieae), TUB/2013/V27 (L.garvieae), TUB/2013/V10 (L. garvieae), TUB/2013/V2 (L. garvieae) TUB/2013/V1 (L. lactis) and TUB/2013/V4 (L. lactis). As a result, it was found that strains have in vitro probiotic properties (hidrophobic, tolerant to bile salts and low pH conditions). Keywords: Aquaculture, Lactococcus garvieae, Lactococcus lactis, Oncorhyncus mykiss, Probiotic, Vagococcus salmoninarum