Bu tez çalışmasında, biyolojik aktivite gösterme potansiyeli yüksek olan bazı oksim bileşiklerinin seçilmiş bazı proteinlerin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme (Doking) yöntemiyle incelenmiştir. Bu amaçla çalışılan tüm oksim ligand molekülleri, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian 09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen tüm moleküllerin bazı kuantum kimyasal parametreleri, moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) diyagramları ve HOMO-LUMO orbitalleri de hesaplanmıştır. Ligand moleküllerinin seçilen proteinlerle moleküler kenetlenme yöntemiyle bağlantı çalışmaları, ligandların optimize edilmiş geometrileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Protein Data Bank'dan seçilen proteinlerin kristal yapıları *.pdb formatında temin edilmiş ve bu kristal yapıların optimize ligandlarla etkileşimi SwissDock web sunucusu kullanılarak incelenmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşan hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek değerlendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Oksim, protein, ligand, kenetlenme, antitümör
In this thesis study, binding properties to the protein of some oxime compounds with high potential for biological activity were investigated by molecular docking. All oxime ligand molecules studied for this purpose were optimized by Gaussian 09 program using B3LYP function by Density Functional Theory (DFT) and 6-311G(d,p) basis set. Some quantum chemical parameters, molecular electrostatic potential (MEP) diagrams and HOMO-LUMO orbitals of all optimized molecules are also calculated. Binding studies of ligand molecules with molecular docking method by selected proteins were performed using optimized geometries of the ligands. The crystal structures of selected proteins were provided in * .pdb format from the Protein Data Bank and their interactions with optimized ligands were investigated using the SwissDock web server. As a result of the molecular docking studies, ligand-protein binding energies were determined by determining the number of hydrogen bond regions that could occur between the ligand-protein. Keywords: Oxime, protein, ligand, docking, antitumor
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Anabilim Dalı, 2019.
Kaynakça var.
Bu tez çalışmasında, biyolojik aktivite gösterme potansiyeli yüksek olan bazı oksim bileşiklerinin seçilmiş bazı proteinlerin aktif bölgesine bağlanma özellikleri moleküler kenetlenme (Doking) yöntemiyle incelenmiştir. Bu amaçla çalışılan tüm oksim ligand molekülleri, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) yöntemiyle B3LYP fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) temel seti kullanılarak Gaussian 09 programında optimize edilmiştir. Optimize edilen tüm moleküllerin bazı kuantum kimyasal parametreleri, moleküler elektrostatik potansiyel (MEP) diyagramları ve HOMO-LUMO orbitalleri de hesaplanmıştır. Ligand moleküllerinin seçilen proteinlerle moleküler kenetlenme yöntemiyle bağlantı çalışmaları, ligandların optimize edilmiş geometrileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Protein Data Bank'dan seçilen proteinlerin kristal yapıları *.pdb formatında temin edilmiş ve bu kristal yapıların optimize ligandlarla etkileşimi SwissDock web sunucusu kullanılarak incelenmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları sonucu, ligand-protein bağlanma enerjileri, ligand-protein arasında oluşan hidrojen bağ bölgeleri ve sayısı tespit edilerek değerlendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Oksim, protein, ligand, kenetlenme, antitümör
In this thesis study, binding properties to the protein of some oxime compounds with high potential for biological activity were investigated by molecular docking. All oxime ligand molecules studied for this purpose were optimized by Gaussian 09 program using B3LYP function by Density Functional Theory (DFT) and 6-311G(d,p) basis set. Some quantum chemical parameters, molecular electrostatic potential (MEP) diagrams and HOMO-LUMO orbitals of all optimized molecules are also calculated. Binding studies of ligand molecules with molecular docking method by selected proteins were performed using optimized geometries of the ligands. The crystal structures of selected proteins were provided in * .pdb format from the Protein Data Bank and their interactions with optimized ligands were investigated using the SwissDock web server. As a result of the molecular docking studies, ligand-protein binding energies were determined by determining the number of hydrogen bond regions that could occur between the ligand-protein. Keywords: Oxime, protein, ligand, docking, antitumor