| dc.creator |
Yaprak, Fatih,
1982-
author
15252 |
|
| dc.creator |
Arı, Fatma Filiz.
thesis advisor
15220 |
|
| dc.creator |
Süleyman Demirel Üniversitesi.
Fen Bilimleri Enstitüsü.
Biyoloji Anabilim Dalı.
9102
issuing body |
|
| dc.date |
2009. |
|
| dc.identifier |
http://tez.sdu.edu.tr/Tezler/TF01285.pdf |
|
| dc.description |
Bakteriler besinsel strese adaptasyonu sağlayan "Çevresel Strese Cevap=Stringent Response" adı verilen bir mekanizmaya sahiptir. Gram negatif bakterilerde bu mekanizmayı kontrol eden ve RelA enzimi tarafından sentezlenen (p)ppGpp molekülü besin stresi ortadan kalktığında SpoT enzimi tarafından yıkıma uğrar. Pectobacterium türleri patates, havuç ve soğan gibi ekonomik bitkilerde yumuşak çürüklük ve karabacak hastalıklarına ve Erwinia amylovora elma, armut ve ayva gibi meyve ağaçlarında ateş yanıklığı hastalığına neden olan önemli bitki patojenleridir. P. atrosepticum'un spoT dizilimi bilinmesine rağmen bu Gram negatif bakterilerin hiç birinde SpoT proteininin tanımlanması henüz yapılmamıştır. Bu çalışmada önce, P. atrosepticum SCRI1043 suşunun spoT gen dizisine göre tasarlanan özgün primerler kullanılarak, P. carotovorum 'da 599 baz çiftlik bir bölgesi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmıştır. Dizi analizi ve BLAST araştırması PZR ürünün P. atrosepticum 'daki ilgili bölge ile % 93 oranında homolog olduğunu göstermiştir. Daha sonra western blot analizi ile P. carotovorum ve P. atrosepticum 'da ilk kez SpoT proteininin varlığı ortaya konulmuştur. E. amylovora'da ise SpoT proteini saptanamamıştır. Anahtar Kelimeler: SpoT, RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blot, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora. |
|
| dc.description |
Bacteria have the ability to adapt nutritional stress by a mechanism called "Stringent Response". In Gram negative bacteria, the control of this mechanism is achived by the (p)ppGpp molecule which is synthesized by RelA enzyme under the nutritional stress and hydrolized by SpoT enzyme upon relief of the stress. Pectobacterium species, causing diseases named soft-rot and black-leg in economically important plants such as potato, carrot and onion, and E. Amylovora, causing fire blight disease in fruit trees such as apple, pear and quince, are important plant pathogens. While the sequence of P. atrosepticum spoT is known, SpoT protein has not been identified yet in none of these Gram negative bacteria. In this study, firstly, a 599 base pair DNA fragment of P. carotovorum was amplified by Polimerase Chain Reaction (PCR) using a pair of primers designed specifically based on P. atrosepticum SCRI1043 spoT gene sequence. The DNA sequencing and BLAST search revealed % 93 homology between this PCR product and the related region ofP. atrosepticum. The presence of SpoT protein was then shown for the first time in P. carotovorum and P. atrosepticum using the method of western blot. The SpoT protein however could not be detected in E. amylovora. Keywords: SpoT, RelA, (p)ppGpp, Stringent Response, Western Blot, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora. |
|
| dc.description |
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Anabilim Dalı, 2009. |
|
| dc.description |
Kaynakça var. |
|
| dc.description |
Bakteriler besinsel strese adaptasyonu sağlayan "Çevresel Strese Cevap=Stringent Response" adı verilen bir mekanizmaya sahiptir. Gram negatif bakterilerde bu mekanizmayı kontrol eden ve RelA enzimi tarafından sentezlenen (p)ppGpp molekülü besin stresi ortadan kalktığında SpoT enzimi tarafından yıkıma uğrar. Pectobacterium türleri patates, havuç ve soğan gibi ekonomik bitkilerde yumuşak çürüklük ve karabacak hastalıklarına ve Erwinia amylovora elma, armut ve ayva gibi meyve ağaçlarında ateş yanıklığı hastalığına neden olan önemli bitki patojenleridir. P. atrosepticum'un spoT dizilimi bilinmesine rağmen bu Gram negatif bakterilerin hiç birinde SpoT proteininin tanımlanması henüz yapılmamıştır. Bu çalışmada önce, P. atrosepticum SCRI1043 suşunun spoT gen dizisine göre tasarlanan özgün primerler kullanılarak, P. carotovorum 'da 599 baz çiftlik bir bölgesi Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmıştır. Dizi analizi ve BLAST araştırması PZR ürünün P. atrosepticum 'daki ilgili bölge ile % 93 oranında homolog olduğunu göstermiştir. Daha sonra western blot analizi ile P. carotovorum ve P. atrosepticum 'da ilk kez SpoT proteininin varlığı ortaya konulmuştur. E. amylovora'da ise SpoT proteini saptanamamıştır. Anahtar Kelimeler: SpoT, RelA, Stringent Response, (p)ppGpp, Western Blot, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora. |
|
| dc.description |
Bacteria have the ability to adapt nutritional stress by a mechanism called "Stringent Response". In Gram negative bacteria, the control of this mechanism is achived by the (p)ppGpp molecule which is synthesized by RelA enzyme under the nutritional stress and hydrolized by SpoT enzyme upon relief of the stress. Pectobacterium species, causing diseases named soft-rot and black-leg in economically important plants such as potato, carrot and onion, and E. Amylovora, causing fire blight disease in fruit trees such as apple, pear and quince, are important plant pathogens. While the sequence of P. atrosepticum spoT is known, SpoT protein has not been identified yet in none of these Gram negative bacteria. In this study, firstly, a 599 base pair DNA fragment of P. carotovorum was amplified by Polimerase Chain Reaction (PCR) using a pair of primers designed specifically based on P. atrosepticum SCRI1043 spoT gene sequence. The DNA sequencing and BLAST search revealed % 93 homology between this PCR product and the related region ofP. atrosepticum. The presence of SpoT protein was then shown for the first time in P. carotovorum and P. atrosepticum using the method of western blot. The SpoT protein however could not be detected in E. amylovora. Keywords: SpoT, RelA, (p)ppGpp, Stringent Response, Western Blot, Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum, Erwinia amylovora. |
|
| dc.language |
tur |
|
| dc.publisher |
Isparta : SDÜ Fen Bilimleri Enstitüsü, |
|
| dc.subject |
Süleyman Demirel Üniversitesi |
|
| dc.title |
Bitki patojenleri Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum ve Erwinia amylovora'da SpoT proteininin western blot yöntemi ile araştırılması = Investigation of the SpoT protein in plant-pathogenes Pectobacterium carotovorum, Pectobacterium atrosepticum and Erwinia amylovora by the method of western blot / |
|
| dc.type |
text |
|