| dc.creator |
Geniş, Burak,
1988-
author
130197 |
|
| dc.creator |
Tuncer, Yasin,
1975-
thesis advisor
15566 |
|
| dc.creator |
Süleyman Demirel Üniversitesi.
Fen Bilimleri Enstitüsü.
Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı.
9406
issuing body |
|
| dc.date |
2015. |
|
| dc.identifier |
http://tez.sdu.edu.tr/Tezler/TF02789.pdf |
|
| dc.description |
Bu çalışmanın amacı, farklı üreticiler tarafından starter kültür kullanılmadan üretilen fermente sucuk örneklerinden (20 adet) izole edilen 61 adet muhtemel koagülaz-negatif Staphylococcus (KNS) suşlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi ve bu suşların amino asit dekarboksilaz aktivitelerinin tespit edilmesidir. 16S rDNA sekans analizi ile 61 adet muhtemel KNS suşu tür düzeyinde 21 adet S. saprophyticus, 16 adet S. epidermidis, 10 adet Macrococcus caseolyticus, 4 adet S. xylosus, 3 adet S. sciuri, 2 adet S. hominis, 2 adet S. warneri, 1 adet S. cohnii, 1 adet S. pasteuri ve 1 adet S. vitulinus olarak tanımlandı. KNS ve M. caseolyticus suşlarının antibiyotik duyarlılıkları 14 adet antibiyotiğe karşı disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Disk difüzyon test sonuçları antibiyotiklere karşı KNS suşlarının M. caseolyticus suşlarından daha dirençli olduğunu gösterdi. KNS izolatlarının tamamının kloramfenikol (30 µg), linezolid (30 µg), quinupristin/dalfopristin (15 µg) ve sulfametoksozol/trimethoprim (25 µg) antibiyotiklerine duyarlı olduğu, ayrıca M. caseolyticus suşlarının tamamının bu antibiyotikler ile birlikte gentamisin (10 µg), kanamisin (30 µg), ofloksasin (5 µg) ve sefalotine (30 µg) de duyarlı oldukları belirlendi. Araştırma kapsamında izole edilen 5 suşun (BYS4, BYS16, BYS22, BYS35 ve BYS67), kullanılan tüm antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu tespit edildi. KNS izolatlarının % 86.28'inin ve M. caseolyticus suşlarının ise % 60'ının çoklu antibiyotik direnç profili gösterdiği bulundu. KNS ve M. caseolyticus suşlarının hiçbirinin histidin, lizin veya ornitini dekarboksile etmediği ancak sadece S. saprophyticus BYS13, S. xylosus BYS14 ve S. saprophyticus BYS15 suşlarının tirozinden tiramin ürettiği tespit edildi. Tirozin dekarboksilaz geni (tdc) bütün traminojenik suşlarda tespit edildi. Bu suşlarda tdc geni varlığı ve tiramin üretimi arasında % 100 korelasyon bulundu. Anahtar Kelimeler: Sucuk, koagülaz-negatif Staphylococcus, Macrococcus caseolyticus, antibiyotik duyarlılık, biyojen amin, PZR |
|
| dc.description |
The aim of this study was to detect antibiotic susceptibility patterns and amino acid decarboxylase activitiy of 61 presumptive coagulase-negative Staphylococcus (CNS) strains from Turkish dry fermented sausage (sucuk) produced by different manufacturers without using starter culture. The 61 presumptive CNS strains were identified at species levels as S. saprophyticus (21 strains), S. epidermidis (16 strains), Macrococcus caseolyticus (10 strains), S. xylosus (4 strains), S. sciuri (3 strains), S. hominis (2 strains), S. warneri (2 strains), S. cohnii (1 strain), S. pasteuri (1 strain), and S. vitulinus (1 strain) by 16S rDNA sequence analysis. The antibiotic susceptibility patterns of the CNS and M. caseolyticus strains were tested against 14 antibiotics by the disc diffusion method. Disc diffusion test results showed that CNS strains were more resistance to antibiotics than M. caseolyticus strains. All CNS strains were found susceptible to chloramphenicol (30 µg), linezolid (30 µg), quinupristin/dalfopristin (15 µg) and sulfamethoxazole/trimethoprim (25 µg), in addition M. caseolyticus strains were found gentamicin (10 µg), kanamycin (30 µg), ofloxacin (5 µg) and cephalothin (30 µg) to together with these antibiotics. Only five strains (BYS4, BYS16, BYS22, BYS35 and BYS67) isolated in this study were found sensitive to all antibiotics. 86.28 % of CNS and 60 % of M. caseolyticus strains were found to show multiple antibiotic resistance profiles. None of the CNS and M. caseolyticus strains were found not to decarboxylate histidine, lysine or ornithine, but only S. saprophyticus BYS13, S. xylosus BYS14 and S. saprophyticus BYS15 strains produced tyramine from tyrosine. The tyrosine decarboxylase gene (tdc) was detected in all tyraminogenic strains. A 100 % correlatin was found between the presence of tdc gene and tyramine production in these strains. Keywords: Sucuk, coagulase-negative Staphylococcus, Macrococcus caseolyticus, antibiotic susceptibility, biogenic amine, PCR |
|
| dc.description |
Tez (Yüksek Lisans) - Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı, 2015. |
|
| dc.description |
Kaynakça var. |
|
| dc.description |
Bu çalışmanın amacı, farklı üreticiler tarafından starter kültür kullanılmadan üretilen fermente sucuk örneklerinden (20 adet) izole edilen 61 adet muhtemel koagülaz-negatif Staphylococcus (KNS) suşlarının antibiyotik duyarlılık profillerinin belirlenmesi ve bu suşların amino asit dekarboksilaz aktivitelerinin tespit edilmesidir. 16S rDNA sekans analizi ile 61 adet muhtemel KNS suşu tür düzeyinde 21 adet S. saprophyticus, 16 adet S. epidermidis, 10 adet Macrococcus caseolyticus, 4 adet S. xylosus, 3 adet S. sciuri, 2 adet S. hominis, 2 adet S. warneri, 1 adet S. cohnii, 1 adet S. pasteuri ve 1 adet S. vitulinus olarak tanımlandı. KNS ve M. caseolyticus suşlarının antibiyotik duyarlılıkları 14 adet antibiyotiğe karşı disk difüzyon yöntemi kullanılarak test edildi. Disk difüzyon test sonuçları antibiyotiklere karşı KNS suşlarının M. caseolyticus suşlarından daha dirençli olduğunu gösterdi. KNS izolatlarının tamamının kloramfenikol (30 µg), linezolid (30 µg), quinupristin/dalfopristin (15 µg) ve sulfametoksozol/trimethoprim (25 µg) antibiyotiklerine duyarlı olduğu, ayrıca M. caseolyticus suşlarının tamamının bu antibiyotikler ile birlikte gentamisin (10 µg), kanamisin (30 µg), ofloksasin (5 µg) ve sefalotine (30 µg) de duyarlı oldukları belirlendi. Araştırma kapsamında izole edilen 5 suşun (BYS4, BYS16, BYS22, BYS35 ve BYS67), kullanılan tüm antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu tespit edildi. KNS izolatlarının % 86.28'inin ve M. caseolyticus suşlarının ise % 60'ının çoklu antibiyotik direnç profili gösterdiği bulundu. KNS ve M. caseolyticus suşlarının hiçbirinin histidin, lizin veya ornitini dekarboksile etmediği ancak sadece S. saprophyticus BYS13, S. xylosus BYS14 ve S. saprophyticus BYS15 suşlarının tirozinden tiramin ürettiği tespit edildi. Tirozin dekarboksilaz geni (tdc) bütün traminojenik suşlarda tespit edildi. Bu suşlarda tdc geni varlığı ve tiramin üretimi arasında % 100 korelasyon bulundu. Anahtar Kelimeler: Sucuk, koagülaz-negatif Staphylococcus, Macrococcus caseolyticus, antibiyotik duyarlılık, biyojen amin, PZR |
|
| dc.description |
The aim of this study was to detect antibiotic susceptibility patterns and amino acid decarboxylase activitiy of 61 presumptive coagulase-negative Staphylococcus (CNS) strains from Turkish dry fermented sausage (sucuk) produced by different manufacturers without using starter culture. The 61 presumptive CNS strains were identified at species levels as S. saprophyticus (21 strains), S. epidermidis (16 strains), Macrococcus caseolyticus (10 strains), S. xylosus (4 strains), S. sciuri (3 strains), S. hominis (2 strains), S. warneri (2 strains), S. cohnii (1 strain), S. pasteuri (1 strain), and S. vitulinus (1 strain) by 16S rDNA sequence analysis. The antibiotic susceptibility patterns of the CNS and M. caseolyticus strains were tested against 14 antibiotics by the disc diffusion method. Disc diffusion test results showed that CNS strains were more resistance to antibiotics than M. caseolyticus strains. All CNS strains were found susceptible to chloramphenicol (30 µg), linezolid (30 µg), quinupristin/dalfopristin (15 µg) and sulfamethoxazole/trimethoprim (25 µg), in addition M. caseolyticus strains were found gentamicin (10 µg), kanamycin (30 µg), ofloxacin (5 µg) and cephalothin (30 µg) to together with these antibiotics. Only five strains (BYS4, BYS16, BYS22, BYS35 and BYS67) isolated in this study were found sensitive to all antibiotics. 86.28 % of CNS and 60 % of M. caseolyticus strains were found to show multiple antibiotic resistance profiles. None of the CNS and M. caseolyticus strains were found not to decarboxylate histidine, lysine or ornithine, but only S. saprophyticus BYS13, S. xylosus BYS14 and S. saprophyticus BYS15 strains produced tyramine from tyrosine. The tyrosine decarboxylase gene (tdc) was detected in all tyraminogenic strains. A 100 % correlatin was found between the presence of tdc gene and tyramine production in these strains. Keywords: Sucuk, coagulase-negative Staphylococcus, Macrococcus caseolyticus, antibiotic susceptibility, biogenic amine, PCR |
|
| dc.language |
tur |
|
| dc.publisher |
Isparta : Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, |
|
| dc.subject |
Süleyman Demirel Üniversitesi |
|
| dc.title |
Fermente sucuktan izole edilen koagülaz negatif Staphylococcus ve Macrococcus caseolytıcus suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının ve dekarboksilasyon aktivitelerinin belirlenmesi = Determination of antibiotic susceptibility and decarboxylase activity of coagulase-negative Staphylococcus and Macrococcus caseolyticus strains isolated from fermented Turkish sausage (sucuk) / |
|
| dc.type |
text |
|