Biyodizel, dünyada kullanımı yaygınlaşan yenilebilir ve alternatif bir dizel yakıtıdır. Biyodizel üretiminde kullanılan alkol büyük önem arz etmekte ve üretilen biyodizelin yakıt özelliklerini doğrudan etkilemektedir. Farklı yakıt özellikleri, dizel motorlarda farklı yakıt enjeksiyon ve yanma karakteristiklerine sebep olabilmektedir. Bu nedenle bu çalışmada, metanol ve etanol kullanılarak üretilen iki farklı ester yakıtı ve saf motorin, common-rail yakıt enjeksiyon sistemine sahip bir dizel motorda üç farklı motor yükü (50 Nm, 100 Nm ve 150 Nm) ve 2000 dev/dk sabit motor devrinde deney yakıtı olarak kullanılmıştır. Bu yakıtların performans, yanma ve yakıt enjeksiyon analizi karşılaştırmalı olarak gerçekleştirilmiştir. Deney sonuçlarına göre, etil ve metil ester kullanımıyla özgül yakıt tüketimi (ÖYT) motorine kıyasla artış göstermiştir. Etil ve metil ester yakıtlarının silindir içi basıncı ve ısı yayılımı değerleri tüm deney şartlarında motorine kıyasla daha yüksek olmuştur. Yakıt enjeksiyon karakteristikleri, yakıt tipi ve motor yüküne bağlı olarak farklılık göstermiştir.