Bu çalışmada ülkemizde yetiştiriciliği yapılan 6 elma çeşidinde rastgele çoğaltılmış polymorfik DNA (randomly amplified polymorphic DNA, RAPD) tekniği kullanılarak akrabalık ilişkileri belirlenmiştir. Yapılan moleküler analiz sonucunda 10 adet RAPD primeri, 47 adet polimorfik bant üretmiştir. En fazla sayıda polimorfik bant (9 adet), S 101 ve S 443 primerlerinden elde edilirken, en az sayıda polimorfik bant (2 adet) S 35, S 128 ve S 165 primerlerinden elde edilmiştir. Primer başına düşen ortalama polimorfik bant sayısı 4,7 adet olmuştur. Tüm çeşitler arasında, en yüksek benzerlik indeksi Mutsu ve Gelendost arasında (0,878) görülürken, en düşük oran Starkrimson ile Gelendost çeşidi arasında (0,573) tespit edilmiştir. Dendrogram, bütün çeşitlerin tek ana grupta toplandığını, Starkrimson çeşidinin diğer çeşitlere göre çok farklı bir dallanma gösterdiğini ve toplamda 3 alt grubun bulunduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca UPOV kriterlerine göre meyve ağırlığı, meyve eni, meyve boyu, meyve şekil indeksi, meyve eti sertliği, meyve kabuk rengi, meyve suyu pH’ı, SÇKM (suda çözünebilir kuru madde), meyve sapı uzunluğu, meyve sapı kalınlığı, sap çukuru eni, sap çukuru derinliği, çiçek çukuru eni, çiçek çukuru derinliği, çekirdek evi boyu, çekirdek evi eni, çekirdek boyu, çekirdek eni ve çekirdek kalınlığı gibi pomolojik analizler de yapılmış olup bu analizlerin sonucunda çeşitler arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak önemli bulunmuştur.