Medicago tür ve populasyonlarında moleküler markırlar kullanılarak genotipik varyasyon seviyesini belirlemek yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada; Batı Akdeniz sahil kuşağında yer alan, Antalya iline ait 13 ilçede, 26 farklı lokasyonda, doğal vejetasyondan toplanan üstün yonca genotipleri klon yöntemi ile çoğaltılmıştır. Elde edilen 26 genotip ve 2 standart çeşidin aralarındaki benzerlikler, Basit Tekrarlı Sekanslar (SSR) moleküler analiz tekniğiyle, 15 adet primer kullanılarak belirlenmiştir. SSR primerlerinin % 99,7’si polimorfik bant vermiştir. Araştırma sonucunda; kümeleme analizi sonucu oluşan dendograma göre yonca genotipleri 2 ana ve 4 alt gruba ayrılmıştır. Birinci ana grup % 60, ikinci ana grup ise % 65 seviyesinde kendi içerisinde iki alt gruba ayrılmıştır. Benzerlik katsayıları 0.58-0.88 değerleri arasında değişim göstermiştir. En yakın genetik benzerlik Kaş-2 ve Çeşit-1 arasında bulunurken, en uzak ise Gazipaşa-1-Kumluca-2 genotipleri arasında bulunmuştur. Elde edilen bu sonuca göre Batı Akdeniz sahil kuşağından toplanan yonca genotipleri arasında genetik olarak önemli bir varyasyonun olduğu tespit edilmiştir.